Sainte Chapelle rakennettiin alun perin monarkin 1300-luvulla hankkiman Kristuksen kärsimyskertomuksen jäännöksien säilömistä varten. Niihin lukeutuvat pala Pyhää ristiä ja Pyhää kruunua, jotka olivat lähellä kadota 1800-luvun alkupuolella.
Vuodesta 1790 alkaen Sainte Chapelle rajoitettiin vain papiston jäsenten käyttöön ja tyhjennettiin. Rakennusta alettiin myös hyödyntää naapurissa sijaitsevan Palais de Justicen, Pariisin tuomioistuintalon, arkistojen varastoinnissa, kunnes sitä alettiin restauroida yleisön painostuksen seurauksena.
Nykyään ei ole enää mahdollista ihailla pyhäinjäännöksiä, joita varten Sainte-Chapelle alunperin rakennettiin, sillä ne joko kadotettiin tai siirrettiin muualle Ranskan vallankumouksen aikana. Kappeli itsessään on kuitenkin vierailemisen arvoinen!!